Dalla morte del conte Giovanni Querini, la collezione si è ulteriormente arricchita grazie ad acquisti della Fondazione e a donazioni di privati.
Alla fine dell’Ottocento alcuni premi artistici promossi dalla Fondazione hanno portato a incrementare la raccolta con opere quali lo Scrittoio di Valentino Panciera Besarel e Daniele Manin e Nicolò Tommaseo liberati dal carcere e portati in trionfo in Piazza San Marco di Napoleone Nani, (dal 22 Marzo 2012 in deposito temporaneo per le Sale Apollinee del Teatro La Fenice di Venezia).
Alle Esposizioni Internazionali d’arte della città di Venezia del 1909 e del 1910, la Fondazione acquista una decina di opere tra cui In porto di Guglielmo Ciardi e La modella di Alessandro Milesi.
Nel 1947 entra a far parte del percorso museale la Testa di bimbo di Medardo Rosso.
Il pittore veneziano Eugenio Da Venezia nel 1989 dona alla Fondazione un consistente nucleo di sue opere per favorire la valorizzazione degli artisti che operarono a Venezia negli anni '20-'30. Il fondo si è arricchito negli anni grazie alle donazioni dei congiunti dell’artista e di altri collezionisti privati veneti.
In memoria di Giuseppe Mazzariol, direttore della Querini Stampalia dal 1958 al 1974, nel 1992 è stato costituito un fondo a lui intitolato, frutto di donazioni da parte di artisti e collezionisti a lui legati.
Una raccolta di oggetti d’arte decorativa proveniente dalla rinomata bottega d’antiquariato di Venezia “Giuseppe Dominici”, donata da Renato Padoan, ha impreziosito le sale del Museo. Porcellane sette e ottocentesche, argenti, smalti e vetri possono essere ammirati oggi dai visitatori.
Nella convinzione che lo sguardo degli artisti più sensibili possa aiutare a capire il tempo in cui viviamo e anche a riflettere in modo diverso sul passato, la Querini Stampalia ha scelto di coinvolgere autori significativi del panorama artistico contemporaneo, invitandoli a mettersi in relazione con la dimora storica. Joseph Kosuth, Elisabetta Di Maggio, Remo Salvadori, Stefano Arienti, Maria Morganti e Mariateresa Sartori hanno donato i loro lavori.