Nelle collezioni della Fondazione anche la scultura compare con alcuni pezzi di grande qualità.
Tra questi assumono particolare evidenza i busti di Michele Fabris detto L'Ongaro, il bozzetto di Letizia Bonaparte di Antonio Canova e la Testa di bambino di Medardo Rosso.
I sette busti marmorei del L'Ongaro hanno rivestito, nel panorama della scultura veneziana a cavallo tra barocco e rococò, grande importanza. Tradizionalmente erano noti come Bravi, con riferimento storico alle famigerate guardie di Francesco Querini e venivano attribuiti a Orazio Marinali. La critica recente, invece, li ritiene opera di Michele Fabris detto l'Ongaro, uno dei maggiori protagonisti della scultura veneta della seconda metà del Seicento. Si è proposta anche una nuova identificazione: i busti rappresenterebbero dei filosofi, un giovane allievo e una coppia di santi, San Giovanni Evangelista e San Giovanni Battista.
Ragguardevole è anche il bozzetto in creta di Letizia Bonaparte del 1805, regalato a Giovanni Querini dal fratellastro di Canova, come si legge in una lettera datata 24 febbraio 1857. Le realizzazioni in creta canoviane erano la prima traduzione plastica dei disegni e il bozzetto queriniano è tra i più integri e suggestivi.
Vanno inoltre rammentate le sculture acquisite alla raccolta dopo la nascita della Fondazione, come la cera Testa di Bambino di Medardo Rosso, acquistato nel 1947 o il gesso La bagnante di Alberto Viani.