Il Conte Giovanni, ultimo discendente dei Querini Stampalia, nasce a Venezia nel 1799.
Figlio di Alvise Querini, già ambasciatore della Serenissima a Parigi alla caduta della Repubblica, e di Maria Teresa Lippomano, donna di vivace cultura, dopo gli studi in legge preferisce dedicarsi alle arti e alla letteratura, nonché agli studi di chimica, fisica e scienze naturali per i quali si serve di un attrezzatissimo laboratorio. Inoltre si dedica con grande cura al riordino e all’incremento delle collezioni librarie costituite dai suoi predecessori.
Amministratore oculato delle ingenti sostanze familiari, nonché imprenditore moderno, nel corso della sua vita viaggia spesso per aggiornare le proprie conoscenze tecnologiche, ricopre molte cariche amministrative ed è membro di varie istituzioni culturali cittadine.
Alla sua morte, avvenuta nel 1869, lascia in dono alla città di Venezia e al mondo del sapere tutti i suoi averi, lo storico palazzo di famiglia, terreni, case, libri, stampe, quadri, mobili, oggetti d'arte, monete e medaglie, per la creazione di una Fondazione capace di promuovere “il culto dei buoni studj, e delle utili discipline”, affidandole il compito di aprire al pubblico il più possibile, soprattutto quando le altre istituzioni culturali cittadine sono chiuse.