Di origini antichissime, venuti probabilmente da Eraclea o Cittanova, i Querini sono tra i primi fondatori di Venezia. Considerati già alla fine del 1200 tra i nuclei famigliari più ricchi, nel corso dei secoli partecipano attivamente alle vicende politiche, artistiche ed economiche della città.
La drammatica congiura del 1310, intentata per rovesciare il dispotico governo del doge Pietro Gradenigo, vede tra i fautori Bajamonte Tiepolo e Marco Querini. Questo gesto di rivolta contro le istituzioni macchia il nome dei Querini, esclusi per sempre dal dogado.
In città il casato si divide ben presto in molti rami, tra cui quello di Santa Maria Formosa. Nel XIV secolo Zuanne Querini acquista l'isola di Astipalea nel Dodecaneso. E' da questo remoto feudo, conquistato dai turchi nel 1527, che deriva il titolo di Stampalia.
Alvise Querini, già ambasciatore di Venezia a Parigi alla caduta della Repubblica, è il primo ad adottare la denominazione di Stampalia per distinguersi da un omonimo alla corte napoleonica di Milano. Da allora il doppio cognome è rimasto ad indicare la famiglia e la Fondazione.
A questo ramo, nel XVIII secolo, appartengono due grandi personalità: Angelo Maria, cardinale, vivace intellettuale, protagonista della vita culturale europea del tempo, fondatore della Biblioteca Queriniana di Brescia, e Andrea, politico illuminato, mecenate protettore di Carlo Goldoni, che gli dedica una commedia, e amico di Pietro Longhi, al quale commissiona per la propria camera da letto la serie dei Sette Sacramenti.