La collezione antica risulta costituita da dipinti, mobili e preziose suppellettili che hanno accompagnato la vita quotidiana, gli affetti, il lavoro, la cultura della famiglia Querini.
Tavole trecentesche di scuola neobizantina, capolavori rinascimentali come la “Presentazione di Gesù al Tempio” di Giovanni Bellini, si affiancano a ritratti di Sebastiano Bombelli, alle piccole tele di Pietro Longhi, alle scene di vita pubblica e privata veneziana di Gabriel Bella, e al grande ritratto di Giambattista Tiepolo.
Davvero unica è la raccolta di oggetti d'arte decorativa, mobili di pregio, globi, porcellane europee, strumenti musicali, antichi orologi, insieme a sculture venete e arazzi fiamminghi.
Grazie a recenti donazioni di privati, le collezioni del Museo si sono arricchite di opere dell'Ottocento e del Novecento che, insieme alle produzioni di giovani artisti contemporanei, contribuiscono a renderlo un luogo "vivo" in cui presente e passato dialogano continuamente.