Nella cultura della famiglia Querini Stampalia il ruolo centrale della musica è testimoniato da inventari e lettere.
Nel Cinquecento si hanno notizie del liuto di Zuanne, figlio di Francesco; settecentesche le informazioni su lezioni di violino o di danza per i bambini o l'uso di spinetta e libro dei minuetti durante la villeggiatura in campagna; nell'Ottocento Alvise Querini è membro dell'Accademia Filarmonica di Bologna.
Piccolo ma significativo il fondo sei-settecentesco di strumenti, conservato ed esposto nelle sale del Museo, che annovera una viola, due violini, due oboe, un flauto traverso.
Di grande pregio il violino del XVII secolo di Martinus Kaiser, ritenuto il caposcuola della liuteria veneziana, e due archetti del XVIII secolo firmati da Carlo Tononi del quale esistono soltanto tre esemplari al mondo.
Con la donazione di Eugenio Da Venezia è stato acquisito nel 1992 un fortepiano della prima metà del sec. XIX.
Particolarmente interessante il fondo manoscritto musicale, ricco di arie del tardo Seicento, conservate in codici di elegantissima legatura, alcuni dei quali esposti in Museo insieme agli strumenti.